Organi Bokeljske mornarice Kotor su: Skupština, Admiralat, Admiral, Upravni odbor, Predsjednik Bokeljske mornarice Kotor koji je istovremeno i predsjednik Upravnog odbora, Nadzori odbor i Sud sedmorice. Skupština Bokeljske mornarice Kotor može formirati i ostale odbore, koji mogu biti stalni i privremeni.
SKUPŠTINA
Skupština je najviši organ odlučivanja Bokeljske mornarice Kotor, a sačinjavaju je 20 delegata iz aktivnog sastava Bokeljske mornarice Kotor, koje bira Admiralat; 10 delegata iz redovnog sastava Bokeljske mornarice Kotor; koje bira Upravni Odbor i članovi Admiralata i Upravnog odbora. Mandat članova Skupštine traje 1 godinu, a isti će je vršiti i nakon isteka mandata do održavanja prve naredne skupštine.
Redovna Skupština održava se svake godine, a izborna svake četvrte godine. I jednu i drugu saziva Upravni odbor ili Admiralat. Vanredna Skupština može se sazvati na predlog Upravnog odbora, Admiralata ili 1/3 registriranog članstva Bokeljske mornarice Kotor.
Predsjedavajući Skupštine Bokeljske mornarice Kotor je Aleksandar Dender.
ADMIRALAT
Admiralat sačinjavaju: admiral, viceadmiral, predsjednik Upravnog odbora, major kapetan, ađutant admirala, kolovođa, oružar i domaćin.
Admiralat obavlja sve poslove koji su u vezi sa aktivnim sastavom Bokeljske mornarice Kotor i one poslove koje odredi Skupština.
Admiralat na predlog Upravnog odbora imenuje malog admirala. Mali admiral se bira na sjednici Admiralata 13. januara svake godine, a mandat mu traje godinu dana.
Admiral Bokeljske mornarice Kotor je Mirko Vičević, viceadmiral Andro Radulović, major mr. Igor Petrović, kapetan Josip Marković, ađutant admirala Grigorije Mihović, kolovođa Damir Moškov, oružar Joško Radimiri i domaćin Marko Mihović.
ADMIRAL
Admirala imenuje Skupština na zajednički predlog Admiralata i Upravnog odbora.
Za admirala Bokeljske mornarice Kotor može biti imenovana ličnost visokih moralnih i kulturnih kvaliteta koja je svojom djelatnošću povezana sa pomorskom djelatnošću, kao i sa kulturom i tradicijama Bokeljske mornarice. Admiral je vrhovni zapovjednik aktivnog sastava Bokeljske mornarice Kotor. Saziva i vodi sjednice Admiralata i učestvuje u donošenju Pravilnika o odori i časti i nastupima aktivnog sastava Bokeljske mornarice Kotor kao i ostalih pravilnika. Admiral predstavlja Bokeljsku mornaricu Kotor u svim javnim nastupima i učestvuje u radu Upravnog odbora sa pravom odlučivanja.
Čast admirala traje 4 godine i može biti ponovo imenovan za još jedan mandat. Admiral Bokeljske mornarice Kotor je Mirko Vičević.
UPRAVNI ODBOR
Upravni odbor sačinjavaju: predsjednik, potpredsjednik koji mijenja predsjednika u njegovom odsustvu, sekretar, admiral, domaćin, ceremonijal majstor i blagajnik.
Upravni odbor bira se na četiri godine i članovi mogu biti ponovo birani.
Sjednice Upravnog odbora saziva i vodi predsjednik, a sjednica može biti sazvana ako to zahtijeva većina članova Upravnog odbora.
Upravni odbor rješava pitanja koja nisu isključivo stavljena u zadatak Skupštine ili Admiralata.
Predsjednik Upravnog odbora Bokeljske mornarice Kotor je mr. Denis Vukašinović, potpredsjednik dr. Miroslav Vukičević, sekretar Nikola Mršulja, admiral Mirko Vičević, domaćin Marko Mihović, ceremonijal majstor Aleksandar Dender, blagajnik dr. Zdravko Ikica.
PREDSJEDNIK BOKELJSKE MORNARICE KOTOR
Predsjednik Bokeljske mornarice Kotor treba da bude ličnost visokih moralnih i kulturnih kvaliteta, sa obaveznim menadžerskim iskustvom, a koja je povezana sa kulturom i tradicijama Bokeljske mornarice i ovoga kraja. Predsjednik učestvuje u donošenju Statuta i Pravilnika o odori i časti aktivnog sastava Bokeljske mornarice Kotor kao i ostalih pravilnika. Predsjednik zastupa Bokeljsku mornaricu Kotor pred nadležnim organima, predstavlja je u svim javnim nastupima i učestvuje u radu Admiralata sa pravom odlučivanja. Mandat Predsjednika traje 4 godine i može biti ponovo imenovan za još jedan mandat. Predsjednik Bokeljske mornarice Kotor je mr. Denis Vukašinović.
NADZORNI ODBOR
Nadzorni odbor Bokeljske mornarice Kotor sastoji se od tri člana i tri zamjenika. Članovi Nadzornog odbora nadziru rad Bokeljske mornarice Kotor i njenih organa, a posebno finansijsko-materijalno poslovanje.
Odbor je dužan da najmanje jednom godišnje pregleda poslovanje i podnese pismeni izvještaj Upravnom odboru i Skupštini Bokeljske mornarice Kotor prilikom njenog redovnog zasjedanja. Članovi nadzornog odbora su Nedjeljko Moškov, Slavko Dabinović, Romeo Mihović.
SUD SEDMORICE
Ovaj sud se sastoji od: admirala, majora, kolovođe, komandir odreda, predsjednik
Upravnog odbora, i po jedan član aktivnog sastava i redovnog sastava mornarice koji se
biraju na odgovarajućim sjednicama Admiralata i Upravnog odbora. Član suda Sedmorice iz aktivnog sastava je Zdravko Milošević, iz redovnog sastava je Brano Maslovar. Sud sedmorice rješava sve sporove nastale u Bokeljskoj mornarici Kotor, kao i žalbe i prigovore pojedinih članova zbog nepravilne primjene Statuta. Njegova rješenja su punovažna i konačna. Ukoliko Sud sedmorice razmatra predmete koji se odnose na određene članove Suda sedmorice, isti će biti zamijenjen zamjenikom do okončanja postupka. U slučaju odsustva članova suda sedmorice, mijenjaju ih njihovi zamjenici. Zamjenike određuje Admiralat i Upravni Odbor.
OSTALI ODBORI
Ostali odbori koje Bokeljska mornarica kotor formira mogu biti stalni ili privremeni.
Stalni odbori su: Odbor za njegovanje pomorskih, kulturniho-umjetničkih i ostalih tradicija Bokeljske mornarice Kotor i Odbor za rad sa podmlatkom Bokeljske mornarice Kotor (djelovanje u školstvu).
Privremeni odbori se osnivaju prema potrebi radi rješavanja posebnih zadataka.
