Na mjestu crkve u kojoj su bile smještene relikvije svetoga mučenika Tripuna 1166. godine sagrađena je romanička katedrala, a sveti Tripun je postao zaštitnik grada i biskupije Kotor.

Knezovi Kotora i Omiša su potpisali ugovor o miru i slobodnoj trgovini. U toku XII vijeka potpisani su slični ugovori Kotora sa više gradova na obadvije obale Jadrana.

Bratovština pomoraca, koja se tada nazivala „Pobožno društvo kotorskih pomoraca“ (Pia sodalitas naviculatorum Catharensium) je okupljala pomorce, štitila njihove interese, prenosila znanje i iskustvo članovima, brinula se o njihovim problemima. Dokument iz 1353. godine svjedoči da je ova bratovština poklonila crkvu svoga zaštitnika, svetoga Nikole van zidina Kotora franjevačkom redu.

Prvi sačuvani statut „Kotorske bratovštine sv. Nikole mornara“ (Fraternitas Divi Nicolai marinariorum de Catharo) je donesen 26. VI. 1463. godine, potvrđen od mletačkih vlasti, imao je 26 članova i vidi se da je on zapravo revizija starijeg statuta. Bratovština je imala monopol u pomorstvu i pomorskoj trgovini kojima se nijesu mogle baviti osobe koje nijesu bili njeni članovi. Članovi Mornarice su mogli biti samo pripadnici građanske klase, a plemići su bili isključeni.

Bokeljski pomorci su se istakli u brojnim ratovima i bitkama na kopnu i na moru. Tako se u bici kod Lepanta 1571. godine kotorska galija „Sveti Tripun Kotorski“ herojski borila i svi članovi njene posade (200–300 ljudi) su izginuli, na čelu sa komandantom Jeronimom Bizantijem. Za svoje ratne i druge zasluge Kotor i druga naselja su dobijali od Mletačke republike brojne privilegije, a istaknuti pojedinci plemićke titule i viteški red Svetoga Marka.

Bratovština pomoraca, koja se sve češće naziva „Kotorska mornarica“ (Marinarezza di Cattaro), učestvuje u brojnim mletačkim ratovima protiv Turaka u toku XVII vijeka, pomorskim bitkama na Jadranu i Mediteranu. Najvažniji uspjeh je bio kada su udružena flota i vojska Svete lige, koju su činili Mletačka republika, Papska država, Malteški vitezovi i Toskana, zajedno sa brojnim brodovima i borcima iz Boke oslobodili Herceg Novi od Turaka 1687. godine, tako da je tada cijeli zaliv prešao pod mletačku vlast.

Bokeljski pomorci su bili stekli veliki ugled u u cijeloj Evropi. Tako je kapetanu Marku Martinoviću iz Perasta od strane mletačke vlade 1698. godine bilo povjereno školovanje grupe ruskih plemića koje je car Petar Veliki poslao duždu u Veneciju da se obuče u pomorskom nauku i vještinama.

Braća Marko i Jozo Ivanović izvojevali su dvije velike pobjede nad turskim gusarima 1751. i 1756. godine. Kap. Marko 1751. godine pobjeđuje 150 tripolitanskih gusara kod Patrasa i 1756. godine zajedno s bratom Jozom likvidiraju turski šambek od 360 tripolitanskih gusara, kada kap. Marko gubi život. Mletačka republika dodijelila je Jozu Ivanoviću titulu kavalijera sv. Marka sa zlatnom kolajnom.

Period mira od 1718. do pada Mletačke republike 1797. obilježilo je blagostanje i veliki uspon, posebno u pogledu trgovine i pomorstva i Boka tada broji preko 300 jedrenjaka. Vlast nad Bokom prelazi u ruke Austrije.

Francuska je uspostavila vlast u Boki i ukinula Bokeljsku mornaricu.

Odlukom austrijskih vlasti Mornarica je obnovljena tek 1833. godine, kao staleška organizacija bez lučke vlasti i vojne funkcije.

Odred Bokeljske mornarice u Kotoru dočekuje Saskog kralja Fridrika Augusta II 30.05.1838.

Zbog učešća njenih članova u revolucionarnim događajima 1848. godine Mornarica je opet bila ukinuta

Mornarica je obnovljena 1859. godine kao memorijalna organizacija pod nazivom „Plemenito tijelo Bokeljske mornarice“. Zadržala je vojnu organizaciju sa admiralom i časnicima, ali bez vojne funkcije. Njeni članovi nijesu više bili samo pomorci već osobe raznih profesija i svih društvenih klasa koje su bile zainteresovane za njegovanje tradicija Mornarice, koja je ostala vezana za Katoličku ckrvu, a bečki dvor joj je davao materijalnu pomoć

U periodu austrijske vladavine glavna aktivnost Mornarice je bila učešće na proslavi svetog Tripuna i na raznim paradama i manifestacijma, kao što je bio dolazak cara Franja Josipa u Kotor 1875. godine.

Donesen je novi statut

Odred Mornarice je nastupio u Beču 1908. godine na proslavi 60-togodišnjice vladavine cara Franja Josipa.

Kralj Aleksandar i kraljica Marija prisustvuju proslavi Tripundana 02.03.1925.

Kraljica Marija pred katedralom Sv. Tripuna

Donesen je novi statut koji je pored ostalog predviđao da se Mornarica angažuje i u riješavanju socijalnih problema pomoraca i u obnovi i unapređenju pomorstva Boke.

Bokeljska mornarica na ispraćaju izaslanika Nj. V. Kralja Petra II Karađorđevića 07.02.1937.

Na I spratu palače Gregorina postavljena je zbirka eksponata Bokeljske mornarice i tako je otvoren muzej Bokeljske mornarice, jezgro budućeg Pomorskog muzeja.

Do oživljavanja Mornarice je došlo 1964. godine kada je donesen novi statut, koji je unio znatne promjene. Mornarica je odvojena od vjerskih tradicija, umjesto dana svetog Tripuna njen dan je postao 10. septembar, dan Ratne mornarice i pomorstva Jugoslavije. Djelovanje Mornarice je teritorijalno prošireno i osnovane su, pored podužnica u Tivtu i Herceg Novom, podružnice u Srbiji i Hrvatskoj.

Kolo Bokeljske mornarice na Trgu od muzeja u čast posjete predsjednika FNRJ Josipa Broza Kotoru 15.05.1969

Predsjednik Tito prilikom posjete Kotoru 26.01.1978. vrši smotru Bokeljske mornarice.

Prilikom posjete Kotoru 08.07.2008, predsjednik Hrvatske Stjepan Mesić uručuje odlikovanje Bokeljskoj mornarici.

Mornarica je 2009. godine proslavila, zajedno sa Biskupijom, Kotorom i Crnom Gorom, 1200 godina od prenosa relikvija svetoga Tripuna u Kotor i od osnivanja bratovštine.

Komandir Glavnog odreda Bokeljske mornarice Gracija Abović 23.06.2020 predaje raport predsjednicima Crne Gore i Hrvatske, Milu Đukanoviću i Zoranu Milanoviću.