Prema tradiciji i istorijskim indicijama, prvi zabilježeni trag o Bokeljskoj Mornarici Kotor datira još iz 809. godine, kada su relikvije Sv. Tripuna prenesene iz Carigrada u Kotor. Najstariji sačuvani dokumentarni pisani trag o Bokeljskoj Mornarici potječe iz 1353. godine, kada je nazvana "Pia sodalitas naviculatorum Catharensium" - Pobožno društvo kotorskih pomoraca. Prefiks "pia" (pobožno) naglašava njen karakter kao vjerske bratovštine, gdje duhovna dimenzija ostaje konstanta kroz vijekove.
U srcu ove duhovnosti leži proslava zaštitnika grada, Sv. Tripuna, Kolo Sv. Tripuna, biskupov blagoslov i njegovo sudjelovanje u kolu, te izgovaranje Pohvala (Loda) u čast Bogu, Bogorodici i Sv. Tripunu, predstavljaju neizbrisivi pečat ove duhovne baštine.
Mornarica je također igrala ključnu vojnu ulogu, aktivno sudjelujući u odbrani grada Kotora, oslobađanju drugih gradova Boke i jadranske obale, kao i u mnogim pomorskim bitkama. Također je upravljala Lukom Kotor, bila je uključena u brodogradnju i obuhvatala sve aspekte pomorstva i pomorske trgovine Kotora i Boke Kotorske.
Danas, Bokeljska Mornarica Kotor predstavlja memorijalnu organizaciju koja ima za cilj očuvanje tradicije kao najstarije pomorske organizacije na svijetu, vodeći se geslom: FIDES et HONOR – VJERA i ČAST.
Bokeljska mornarica Kotor je u decembru 2021. godine upisana na UNESCO-vu listu svjetske nematerijalne kulturne baštine, kao prvo nematerijalno kulturno dobro koje je Crna Gora kandidovala za taj status. UNESCO-vom upisu je prethodilo 2013. godine proglašenje Bokeljske mornarice Kotor kao nematerijalno kulturno dobro Crne Gore od nacionalnog značaja.
Legat Bokeljske Mornarice Kotor, koji danas čini Javnu ustanovu Pomorski muzej Crne Gore u Kotoru, proistekao je iz postepenog razvoja zbirke Bratovštine "Bokeljske mornarice".
Prvobitna zbirka, osnovana oko 1880. godine, postala je dostupna javnosti od 1900. godine, a 1938. godine pretrpjela je preuređenje i preseljena je na prvi sprat sadašnje muzejske zgrade.
Nakon završetka Drugog svjetskog rata, u periodu od 1949. do 1952. godine, kompletna zgrada - barokna palata plemićke porodice Grgurina iz početka XVIII vijeka - temeljito je restaurirana i adaptirana kako bi služila kao trajna lokacija Pomorskog muzeja.
Poglavarstvo Bokeljske mornarice je bilo smješteno u Palati Grgurina, te se i pjaca na kojoj se nalazi naziva “Trg Bokeljske Mornarice”.
Dom Mornarice je smjesten u starom gradu Kotoru, na pjaci od Kina, br 372. Isti objekat je u prethodnom periodu bio sjemenište Kotorske biskupije.
