SKUPŠTINA
Skupština je najviši organ odlučivanja Bokeljske mornarice Kotor, a sačinjavaju je po 20 članova matične organizacije iz Kotora, podružnice Tivat i podružnice Herceg Novi, 3 člana podružnice Beograd i svi članovi Admiralata i Upravnog odbora.
Mandat članova Skupštine traje 4 godine i mogu biti ponovo birani.
Redovna Skupština održava se svake godine, a izborna svake četvrte godine. I jednu i drugu saziva Upravni odbor na predlog Admiralata. Vanredna Skupština može biti sazvana na predlog Upravnog odbora, Admiralata ili 1/3 ukupnog broja delegata Skupštine.
Predsjednik Skupštine Bokeljske mornarice Kotor je Saša Milošević.
ADMIRALAT
Admiralat sačinjavaju: admiral, viceadmiral, predsjednik Upravnog odbora, majori (bira ih Skupština na prijedlog Upravnog odbora i Admiralata); kapetani, koji su istovremeno i komandiri odreda, ađutant admirala i kolovođa Glavnog odreda (imenuje ih Admiralat); ceremonijal majstor i domaćin.
Admiralat obavlja sve poslove koji su u vezi sa aktivnim sastavom Bokeljske mornarice Kotor i one poslove koje odredi Skupština.
Admiralat na predlog Upravnog odbora imenuje malog admirala. Mali admiral se bira na sjednici Admiralata 13. januara svake godine, a mandat mu traje godinu dana.
Admiral Bokeljske mornarice Kotor je dr Antun Sbutega, a viceadmiral Ilija Radović.
UPRAVNI ODBOR
Upravni odbor sačinjavaju: predsjednik (bira ga Skupština), tri potpredsjednika (dva potpredsjednika su iz sastava podružnica) koji mijenjaju predsjednika u njegovom odsustvu,
sekretar (bira ga Upravni odbor), predsjednici podružnica, admiral, domaćin i blagajnik.
Upravni odbor bira se na četiri godine i članovi mogu biti ponovo birani.
Sjednice Upravnog odbora saziva i vodi predsjednik, a sjednica može biti sazvana ako to zahtijeva većina članova Upravnog odbora.
Upravni odbor rješava pitanja koja nisu isključivo stavljena u zadatak Skupštine ili Admiralata.
Predsjednik Upravnog odbora Bokeljske mornarice Kotor je Aleksandar Dender.
SUD SEDMORICE
Ovaj sud se sastoji od: admirala, viceadmirala, prvog majora, predsjednika Upravnog odbora i predsjednikâ podružnica.
Sud sedmorice rješava sve sporove nastale u Bokeljskoj mornarici Kotor, kao i žalbe i prigovore pojedinih članova zbog nepravilne primjene Statuta. Njegova rješenja su punovažna i konačna.
NADZORNI ODBOR
Nadzorni odbor Bokeljske mornarice Kotor sastoji se od tri člana i tri zamjenika.
Članovi Nadzornog odbora nadziru rad Bokeljske mornarice Kotor i njenih organa, a posebno finansijsko-materijalno poslovanje.
Odbor je dužan da najmanje jednom godišnje pregleda poslovanje i podnese pismeni izvještaj Upravnom odboru i Skupštini Bokeljske mornarice Kotor prilikom njenog redovnog zasjedanja.